备案单证主要包括适用的购销合同、运输单据和委托报关资料，按实际交易确定。根据现行管理办法，应在申报退（免）税后15日内整理留存并建立目录，通常保存10年。慧穗可按批次和报关单检查缺件、关联归档及查询；报关单、发票和收汇资料还需按各自用途同步管理。

系统可按申报批次先看整体齐套率，再按报关单查看缺哪份合同、提单或委托报关材料。未取得某项资料时，应记录原因、替代凭证及复核意见。慧穗支持单证审核、备案和关联查询，企业仍需检查资料真实性及现行政策所要求的保存期限。